2014年11月2日，國家水專項管理辦公室在北京組織召開2014年水專項中期評估和年度檢查啟動會。環境保護部科技標準司劉志全巡視員兼副司長、住建部建筑節能與科技司郭理橋副司長、水專項管理辦公室王明良專職副主任、各省市地方水專項辦負責人、評估專家組、項目（課題）組等200余人參會。
為確保水專項第二階段目標任務順利完成，落實國務院重大專項中期評估有關要求，此次專項中期評估和年度檢查對象為水專項 “十二五”135個在研課題。水專項管理辦公室經過醞釀考慮并吸納各方面意見最終確定由一個總體評估組，四個板塊評估與流域相統籌的評估組織結構和形式。根據計劃安排，在年底前評估組統籌考慮評估分數、評估尺度等情況，形成《水專項2014年中期評估暨年度檢查報告》和《財務檢查報告》，辦公室將根據評估課題實施優劣情況提出動態調整和通報建議，并報水專項領導小組，在明年年初課題完成整改落實。
環境保護部科技標準司巡視員兼副司長劉志全在總結講話中指出，此次評估檢查是水專項“十二五”第一次全面、系統的監督檢查，各位專家和同志要以客觀、公正、嚴肅、認真和高度負責的態度開展評估檢查工作，認真查找問題，不回避矛盾，不放過一個漏洞，要本著發現問題的目的開展評估檢查。要充分發揮地方作用，中期評估和年度檢查由國家水專項辦統一組織開展，具體各流域評估工作要由地方水辦負責組織實施，地方水辦要做好組織管理工作，統一調度所轄流域課題評估匯報和現場檢查，保障中期評估和年度檢查工作安全有序開展，牢牢把握工作進度，保障評估質量。
截至17日，水專項已完成共性產業化板塊有關課題，湖泊板塊巢湖項目，河流板塊海河項目有關課題的評估檢查工作。
